Jajaran Dewan Direksi PT Pelni sebelumnya antara lain:
Direktur Utama : Insan Purwarisya L. Tobing
Direktur SDM dan Umum : Ganefi
Direktur Keuangan : Ony Suprihartono
Direktur Usaha Angkutan Penumpang : O.M. Sodikin
Direktur Usaha Barang dan Tol Laut : Masrul Khalimi
Direktur Armada : M. Tukul Harsono
Berdasarkan SK-12/MBU/01/2021, jajaran Dewan Direksi Pelni saat ini menjadi:
Direktur Utama : Insan Purwarisya L Tobing
Direktur SDM dan Umum : Ganefi
Direktur Keuangan : Ony Suprihartono
Direktur Usaha Angkutan Penumpang : O.M. Sodikin
Direktur Usaha Barang dan Tol Laut : Yahya Kuncoro
Direktur Armada dan Teknik : Robert MP Sinaga
Susunan Dewan Komisaris PT PELNI saat ini:
Komisaris Utama : Ali Masykur Musa
Komisaris : Haryo Indratno
Komisaris : Wahju Aji
Komisaris : Eddy Susanto Soepadmo
Komisaris : Iwan Taufiq Purwanto
Komisaris Independen : Kristia Budiyarto